Reiki wurde von dem Japaner Mikao Usui begründet. Nach der Inschrift auf der Grabstätte von Mikao Usui wurde ihm nach einer 21-tägigen Fastenkur auf dem Berg Kurama, ein Berg nördlich von Kyoto, durch eine Vision das Wissen um Reiki zuteil.

Seitdem wird Reiki vom Lehrer zum Schüler weitergegeben. Mikao Usui bildete u.a. Chujiro Hayashi als Reiki-Meister und Reiki-Lehrer aus.Der 1921 eine Reiki-Klinik in Tokyo eröffnete. Chujiro Hayashi hat u.a. die Hawaii-Amerikanerin Hawayo Takata als Reiki-Meisterin und Reiki-Lehrerin ausgebildet, diese wiederum u.a. die Amerikanerin Mary McFadyen.

Hawayo Takata war die erste Reiki-Meisterin außerhalb von Japan. Sie hat insgesamt 22 weitere Reiki-Meister und -lehrer ausgebildet, die meisten nicht aus Japan. Fast alle Praktizierenden außerhalb Japans stammen deshalb aus der Einweihungslinie Usui-Hayashi-Takata.

1981 wurde Reiki von der in den Vereinigten Staaten lebenden Mary McFadyen über Deutschland nach Europa gebracht.